Quien dirige el establecimiento educacional, el Liceo Santa Marta de Vallenar, es la Directora. Ella es quien mantiene los principios que configuran el tipo de educación del Liceo, así como los criterios que garantizan la fidelidad a los mismos.

La Directora, es una Religiosa de Santa Marta cuya misión le es confiada por Dios a través de la Congregación. Ella es la responsable de la Dirección, organización y funcionamiento del Liceo, actuando de acuerdo con los principios de las ciencias de la Educación, las disposiciones de las autoridades competentes, las normas legales y reglamentarias vigentes y, sobretodo, por los principios que orientan su formación cristiana y de entrega consagrada.

Desde el 2020, la actual Directora es la Religiosas de Santa Marta, Sor Cecilia Ledesma Lovatto.